Sejarah Desa Kalitinggar Kidul tidak bisa terlepas dari sejarah Desa Kalitinggar karena Desa Kalitinggar Kidul merupakan pecahan dari desa Kalitinggar yang sudah terbentuk sejak jaman kolonial belanda. Desa Kalitinggar merupakan desa yag terbentuk dari dua desa yaitu Kaligawe dan Tinggarjaya, pada tahun 1924 digabung menjadi Desa Kalitinggar.
Desa Kalitinggar Kidul terbentuk melalui pemisahan desa yang dimulai dari tahun 1999 yang tertuang dalam Keputusan Desa Kalitinggar Nomor 144/05/1999 tanggal 26 Mei 1999, mendapat persetujuan DPRD Kabupaten Purbalingga melalui Surat Ketua DPRD Kabupaten Purbalingga tanggal 17 Maret 2001 Nomor 141/093 perihal Persetujuan Pemecahan Desa Kalitinggar Kecamatan Padamara Kabupaten Purbalingga, dan pada tanggal 30 Juli 2005 disahkan denagn Peraturan Daerah Nomor 7 Tahun 2005 Tentang Pembentukan Desa Kalitinggar Kidul Kecamatan Padamara Kabupaten Purbalingga.
Kepala Desa yang pernah menjabat adalah sebagai berikut
1. Sopingah : 2003-2013
2. Samsudin : 2013-2019
3. Purnomo Hadi, ST : 2019-sekarang